Изучение эмбрионального развития органов является актуально медико-биологическим направлением. Знание особенностей эмбриогенеза позволяет проникнуть в суть генетических заболеваний, аномалий развития и опухолей женского репродуктивного тракта. Новые данные генетических и молекулярных исследований существенно дополняют и суммируют предшествующие морфологические исследования и обращаются к молекулярному механизму, который лежит в основе происхождения и органогенеза влагалища у млекопитающих. Единственным источником развития влагалища являются Мюллеровы (парамезонефральные протоки). BMP4 способствует превращению Мюллеровских протоков из промежуточной мезодермы в зачаток влагалища. Это показывает новые отличительные от матки черты, включая его многослойность и невосприимчивость к AMH. Также гены группы Hoxa, включая Hoxa 9, Hoxa 10, Hoxa 11 и Hoxa 13, определяют паттерн формирования системы Мюллеровых протоков в переднезаднем направлении. Wnt4 также необходим для образования Мюллерова протока. У мышей, лишенных Wnt4, нет Мюллерова протока. У мышей влагалище закрыто к моменту рождения и не открывается до 24–28-дневного возраста, когда наступает первая овуляция, свидетельствующая о наступлении полового созревания у самок. Открытие влагалища происходит благодаря подъему уровня эстрогенов, а первая овуляция обусловлена активацией овариального цикла вследствие пикового выброса гонадотропина. Под действием эстрогенов также происходит первая кератинизация влагалища, которая наступает спустя 24–120 часов после появления отверстия влагалища.
У новорожденных самок крыс иммуногистохимическим методом с применением моноклональных антител к эстрогенам установлена локализация ER-α в базальном и парабазальном слоях эпителия. У 6-недельных (пубертатный период) самок крыс ER экспрессируются в ядрах клеток глубоких слоев эпителия, а также в ядрах мышечных и стромальных клеток.