Scientific journal
Modern high technologies
ISSN 1812-7320
"Перечень" ВАК
ИФ РИНЦ = 0,940

DEVELOPMENT OF A METHODOLOGY FOR SYNTHESIZING A SEQUENTIAL AUTOMATON FOR RECOGNIZING TYPES OF ANIMAL PATHOLOGIES IN HISTOLOGICAL ANALYSIS

Kostarev S.N. 3, 1 Tatarnikova N.A. 3 Novikov A.V. 2 Sereda T.G. 3
1 Perm Military Institute of the National Guard Troops of the Russian Federation
2 Perm Institute of the FPS of Russia
3 Perm State Agro-Technological University named after Academician D.N. Pryanishnikov
Histological examination is a method for diagnosing a disease at the tissue level – the study of a prepared area of pathological tissue allows you to get an idea of the essence, severity of the pathological process, identify its features and, thanks to this, accurately diagnose and select the required treatment. Histological examination of tissues is widely used in almost all medical and veterinary specialties and is always performed after any operation, but in oncology it is of particular importance. Currently, we are developing analyzers for the recognition of histological patterns as part of the import substitution program and is a very relevant research. At the moment, express analyzers are used mainly for liquid biological media. For the diagnosis of solid biological media, for example, in histology, automated express analyzers are rarely used, which creates a great burden on veterinarians when diagnosing a disease. The article considers the application of a technique for constructing an automaton for recognizing pathologies of an animal organism in histological analysis using strict logic. With morphostructural changes in tissues, it is of interest to study the tree-like structure of pathologies, which makes it possible to understand the causal relationship of the animal’s disease. In this study, the depth of subpathologies, for this use case, was taken equal to three and in the future can be increased or decreased when solving a specific problem. A system of logical equations implemented in a block diagram is obtained. Simulation modeling was carried out to determine the indicators of types of pathologies.
histology
pattern recognition
finite automat

Развитие экспресс-диагностики заболеваний в ветеринарии и медицине является актуальной задачей. В настоящее время гистологическому анализу структурных изменений в тканях животных уделяется большое внимание [1, 2]. Для автоматизированного распознавания патологий заболеваний используются подходы, основанные на морфологическом и спектральном анализе [3], нейронных сетях [4], на основе геометрии и функционального анализа [5–7]. В данной работе предложено использование теории конечных автоматов [8–10] для распознавания индикаторов видов патологий при гистологическом анализе.

Цель исследования – разработка способа распознавания патологических процессов, протекающих в организме животного на клеточном уровне, на основе индикаторов патологий.

Материалы и методы исследования

Теоретические подходы были основаны на применении теорий гистологического анализа и конечных автоматов [11]. В лабораторных исследованиях изучались гистологические образцы, пораженные хламидийной инфекцией: плацента коровы, мягкая мозговая оболочка коры больших полушарий плода и мозжечок теленка, характеризующие фазы развития патологических процессов [12]. Лабораторные исследования по гистологическому анализу осуществляли с использованием системы гистологической проводки, ротационного микротома, светового микроскопа «MicroOptix» и другого оборудования. Симуляция работы логической схемы проведена с использованием программы «Electronics Workbench».

Результаты исследования и их обсуждение

1. Лабораторный эксперимент

Натурные эксперименты проводились на фермах, содержащих крупный рогатый скот, в Пермском крае и Тюменской области. При проведении исследований материал, представляющий научный интерес, был помещен в четырехпроцентный раствор формальдегида, затем осуществлена вырезка тканей с последующей проводкой по спиртам возрастающей крепости. После обезвоживания и заливки в парафиновые блоки были сделаны срезы толщиной 5 мкм. Далее срезы были окрашены гематоксилином и эозином по ван Гизону и по Нисслю). На рис. 1–3 показаны некоторые обнаруженные патологии на примере крупных рогатых животных при инфицировании хламидией [12].

missing image file

Рис. 1. Фаза 1. Процесс воспаления, вызывающий отек оболочек (1) плаценты коровы. Окраска по ван Гизону. х 100

missing image file

Рис. 2. Фаза 2. Процесс экссудации, вызвавший полнокровие вен (1) мягкой мозговой оболочки коры больших полушарий плода и отслоение мягкой мозговой оболочки (разобщение тканей) (2). Окраска гематоксилином и эозином. х 400

missing image file

Рис. 3. Фаза 3. Процесс альтерации, вызывающий некробиоз грушевидных нейроцитов в мозжечке теленка. Окраска по Нисслю. х 100

Рассмотренные фазы отражают последовательную деструкцию ткани животного и позволяют далее перейти к построению автоматизированной системы диагностики патологий.

2. Построение автомата распознавателя

В соответствии с лабораторным экспериментом (рис. 1–3) рассмотрим построение дерева подпатологий. Рассмотрим древовидную структуру патологии клетки, приведенную на рис. 4.

missing image file

Рис. 4. Древовидная структура патологии клетки

Допустим, что верхний уровень при воспалении (П0, П1, П2) описывает соответственно процессы: «Инфекционный специфический», «Инфекционный неспецифический» и «Неинфекционный». Ветка П1 (Инфекционный специфический процесс) в свою очередь порождает подпатологии 2 уровня: (п01, п02, п03, п04), которые в свою очередь порождают подпатологии 3 уровня. Для построения автомата распознавателя индикаторов патологий воспользуемся автоматом Мура:

M = f (И, С, П, λ, δ, С0),

где И = (и1,и2,…, иn ) – множество входных сигналов (индикаторов патологий);

С = (с1, с2,…, сn ) – множество состояний, С0 – начальное состояние;

П = (п1,п2,…, пn ) – множество индикаторов патологий (выходные сигналы);

δ: И × С → С(t + 1); λ: И × С → П – функции переходов. При построении последовательностного автомата для рассмотренной структуры, размер массива И можно рассчитать по двоичной мере Хартли [10], как логарифм по основанию 2: И = Log24 = 2. Массив И = (и1,и2) примем длиной 2 бита. Обобщенная структура автомата-распознавателя показана на рис. 5. Для переключения тактов, описывающих переходы подпатологий, воспользуемся триггером с(t+1).

missing image file

Рис. 5. Обобщенная структура автомата-распознавателя индикаторов патологий

Первую ветвь патологий можно закодировать следующим способом (табл. 1).

Вторую подветвь первой ветки П1 также закодируем аналогично (табл. 2).

Кодировка индикаторов третьего подуровня ветки «Инфекционный специфический / Экссудация» показана в табл. 3.

Остальные ветки дерева патологий (рис. 4) можно закодировать по такой же методике. Рассмотрим задачу распознавания индикаторов при патологии «Инфекционный специфический / Экссудация / Альтерация», что соответствует кодировке ветки – (П0)/ п03/п032, тогда эта ветка будет представлять последовательный набор: 032.

Таблица 1

Кодировка индикаторов первого уровня ветки

Номер

и2и1

Название индикатора процесса

Индикатор

0

0 0

Инфекционный специфический

П0

1

0 1

Инфекционный неспецифический

П1

2

1 0

Неинфекционный

П2

3

1 1

Резерв

 

Таблица 2

Кодировка индикаторов второго подуровня ветки П1

Номер

и2и1

Название индикатора процесса

Индикатор

0

0 0

Необратимая адгезия к эндотелию

п00

1

0 1

Обратимая адгезия

п01

2

1 0

Гипертрофия

п02

3

1 1

Экссудация

n03

Таблица 3

Кодировка индикаторов третьего подуровня ветки «Инфекционный специфический / Экссудация»

Номер

и2и1

Название индикатора

Индикатор

0

0 0

Лимфостаз

п030

1

0 1

Склероз

п031

2

1 0

Альтерация

п032

3

1 1

Десквамация

п033

Для формирования логической функции автомата-распознавателя построена первичная таблица переходов [10]. На первом этапе построения таблицы отмечен правильный (устойчивый) код красным цветом (входящие сигналы упорядочены по коду Грея) (табл. 4). На входы автомата могут также поступать коды, соответствующие другим патологиям, которые также внесены в табл. 4. В данном случае глубина подуровней патологий была взята равной трем, соответственно, на третьем такте формируется диагноз (выход Out1=1). Если диагноз не соответствует искомому, тогда формируется сигнал на выходе «Out2».

missing image file

а)

missing image file

б)

missing image file

в)

Рис. 6. Результаты эксперимента: a) 1 такт, поступил код 00; б) 2 такт, поступил код 11 (3); в) 3 такт, поступил код 10 (2), активировался индикатор патологии п032

Таблица 4

Первичная таблица переходов

Номер

такта

и2 и1

Искомый диагноз, Out1

Out2

00

01

11

10

1

1

2

 

4

0

0

2

 

3

2

 

0

0

3

     

3

1

0

4

1

 

4

 

0

1

5

 

5

   

0

1

Для упрощения устройства автомата, методом слияния строк, была построена минимизированная таблица переходов (табл. 5).

Таблица 5

Минимизированная таблица переходов

сливаемые строки

и2 и1

00

01

11

10

1, 4

1

2

4

4

2, 3, 5

 

5

2

3

Далее построена таблица переходов-выходов на основании автомата Мура (табл. 6). По таблице переходов-выходов можно синтезировать логические уравнения для нахождения индикаторов патологии и построения характеристического уравнения триггера с(t+1). Используя табл. 6 как карту Карно, находим функцию управления триггером. Дозаполнив пустые клетки и найдя минимальную дизъюнктивную нормальную форму, получаем следующее уравнение для триггерного элемента: missing image file

Таблица 6

Таблица переходов-выходов

missing image file

Таблица 7

Логические уравнения для кодирования веток дерева распознавателя патологий*

missing image file

Примечание. Триггер обозначен символом «y».

Проведя аналогичные действия для индикатора патологии «Out1», получаем логическое уравнение в виде missing image file Выход «Out2» опишется уравнением missing image file Логическая блок-схема построена с использованием D-триггера. Результаты эксперимента показаны на рис. 6. При поступлении последовательного кода 032 активируется индикатор «Out1» (рис. 6, в), что соответствует индикатору патологии – п032. Таким образом, показано, что при наличии древовидной причинно-следственной связи подвидов патологий возможно разработать автомат-распознаватель, что может оказать помощь ветеринарному врачу при постановке диагноза заболевания.

Аналогичным образом были получены логические уравнения для некоторых других веток дерева патологий (табл. 7).

Заключение

В статье показан пример использования последовательностного автомата распознавания индикаторов, имеющих вложенную древообразную структуру при гистологическом анализе патологии морфоструктурных изменений в тканях на клеточном уровне. Показана методика построения автомата-распознавателя видов патологий организма животного при гистологическом анализе на жесткой логике, преимуществом которой является быстродействие и надежность. Полученные логические уравнения могут лечь в основу построения гистологического экспресс-анализатора и оказать помощь при постановке диагноза ветеринарному врачу.