Проблемы формирования, совершенствования, рационализации организационных структур действующих предприятий, остро стоящие на повестке дня, решаются с позиций различных методов их построения. Каждому из известных методов присущи границы применения, и ни один из них в отдельности не соответствует в полной мере задачам обеспечения развития системы управления торгового предприятия в ситуации динамично изменяющейся внешней среды.
До последнего времени методы построения организационной структуры характеризовались чрезмерно нормативным характером и недостаточным разнообразием, что привело к механическому переносу применявшихся в прошлом организационных форм в новые условия. С научной точки зрения слишком узкую трактовку получали сами исходные факторы формирования структур: использовались численность персонала, а не цели организаций; постоянный набор органов, а не изменение их состава и комбинации в разных условиях.
Специфика проблемы проектирования организационной структуры управления состоит в том, что она не может быть адекватно представлена в виде задачи формального выбора наилучшего варианта организационной структуры по четко сформулированному, однозначному, математически выраженному критерию оптимальности. Это количественно-качественная, многокритериальная проблема, решаемая на основе сочетания научных методов анализа, оценки, моделирования организационных систем с деятельностью руководителей, специалистов и экспертов по выбору и оценки наилучших вариантов организационных решений.
Существует достаточно обширный набор методов организационного проектирования, каждый из которых имеет свои преимущества, но не лишен и недостатков.
Основными методами построения организационных структур управления являются: блочный метод, метод аналогий, метод структуризации целей, метод экспертных оценок, организационный эксперимент, функциональный метод, метод организационного моделирования и программно-целевой метод.