Как показывают данные анализа проб Славянского Горводоканала, на сегодняшний день многие загрязнения воды превышают допустимый уровень и нередко являются токсичными. Негативное воздействие на окружающую среду, в том числе и на реку Протока, оказывает хозяйственная деятельность объектов нефтегазодобывающего комплекса, применение сельскохозяйственными предприятиями агрохимикатов, нарушение правил обращения с отходами производства и потребления, их утилизация. Серьезные загрязнения возникают за счет добычи йодобромных вод и извлечения из них йода на ГУП «ТИЗ» Крымского района, а также расположение ртутного родника у пос. Холмский.
При загрязнении водоема стоками промышленных предприятий вода может изменить окраску. Для источников хозяйственно-питьевого водоснабжения окраска не должна обнаруживаться в столбике высотой 20 см, для водоемов культурно-бытового назначения - 10 см.
Определение запаха воды основано на органическом исследовании характера и интенсивности запаха при 20 и 60 . Запах воды водоемов не должен превышать 2 баллов. Так же величина pH воды водоемов хозяйственного, питьевого, культурно-бытового назначения регламентируется в пределах pH = 6,5 - 8,5.
Упрощенная методика оценки экологического состояния позволяет быстро определить качество воды. При наличии в водоеме личинок веснянок или ручейников, а так же плоских личинок поденок водоему автоматически присваивается высокий класс чистоты. Умеренно загрязненные водоемы заселяют водяные ослики, бокоплавы, двустворчатые моллюски, личинки стрекоз и пиявки. О чрезмерном загрязнении свидетельствует наличие трубочников, мотылей, ильной мухи.
Биоиндикация в соответствии со шкалой Вуддивусса определяет средний биотический индекс водоема. В нашем случае он равен примерно 7, т. е. вода в реке Протока средней степени загрязненности. При определении органолептических показателей выявлено, что цвет и запах в реке слабо-землистый; pH = 6,8 - в пределах нормы.
Делая вывод, можно сказать, что воды реки Протока пригодны для использования в рекреационных целях.